解剖结构

爬行动物身体结构和内部器官构造的很多特点都反映了它们对环境的适应。其中一个特点使它们摆脱了对水域环境的依赖，即皮肤坚硬且覆有鳞片，能够防止水分流失。同样，它们的肾脏也有利于保持水分，因为其尿液很少。它们新陈代谢缓慢，不咀嚼直接吞食猎物。

分类

爬行动物的分类并不是依据皮肤，而是看脑部的颞骨（眼窝后部）是否有颞颥孔。大部分爬行动物，除了龟类，都属双孔亚纲，即有两个颞颥孔。颅部和第一节颈椎通过枕骨髁或支撑点连接，使它们头部转动半径非常大。

牙齿

爬行动物的牙齿主要用来捕获猎物，而不是咀嚼。颌骨的两个分支因其种类不同而有所变化，这会影响它们进食的方式。可以像龟类一样连接起来；也可以通过一个简单的骨缝联结，如鳄鱼；又或者完全分开，如蛇类，这样可以将嘴完全张开，吞食整个猎物（食管强大的扩张能力和胸骨的缺失有利于这一吞食过程顺利进行）。

骨骼和四肢

构成爬行动物脊柱的椎骨数量是不同的，龟类大概有 30 条，而蟒蛇有400 条。它们同样也有肋骨，龟类的肋骨同其外壳合并，为了能够承受内脏的重量，鳄鱼的肋骨一直延伸到腹部。

有四肢的爬行动物，其中一些有 5趾，其余的都是 4 趾；某些蜥蜴目如慢缺肢蜥和所有的蛇类都没有四肢。

颅部种类

大部分爬行动物的颅部除了骨腭外，都是连接起来的。其区别在于颞骨是否有颞颥孔。

呼吸器官

完全用肺呼吸。除了蛇只有一个肺外，大部分爬行动物都有两个肺。体壁上的肌肉可以产生不同的压力，使气流通过呼吸道（从鼻孔到肺叶）流通。

气流通过肌肉运动进出肺部。龟类可以无氧游几小时，甚至可以通过自己的泄殖腔呼吸。

与两栖动物不同，爬行动物不能通过皮肤呼吸。